新《食品安全法》以法律形式对2013年开始的食品安全监管体制改革成果进行了明确和固化，并完善了相关的监管制度和机制。

根据第十二届全国人民代表大会第一次会议批准的《国务院机构改革和职能转变方案》、《国务院关于机构设置的通知》（国发〔2013〕14号）和《国务院关于地方改革完善食品药品监督管理体制的指导意见》（国发〔2013〕18号）的要求，原分属于质量监督、工商行政管理和食品药品监督管理部门的食品生产、食品流通和餐饮服务监管职能统一整合到食品药品监督管理部门。对此，新《食品安全法》以法律的形式予以了确认和固化。

在行政审批制度改革的大背景下，与该项监管体制改革相配套，对同属于食品药品监部门职责范围内的食品生产、流通和餐饮服务许可是否可以实施“三证合一”或“二证合一”也提上了议事日程。不少地方已经开始试水，譬如，河北省、陕西省都正在积极探索食品流通和餐饮服务的“二证合一”。而更高层级的顶层设计则有待于国家食品药品监督管理总局后续以规章或规范性文件形式予以明确。

上述体制改革和立法修订改变了过去在食品安全监管上生产、流通和餐饮分段治理所引起的部门推诿和监管效率低下的问题。在此基础上，新《食品安全法》提出实施最严格的全过程管理，并新设食品安全全程追溯制度，同时强化生产经营者第一主体责任制度。

经过上述职能调整后，卫生行政部门负责食品安全风险监测和风险评估以及食品安全国家标准的制定，农业行政部门负责食用农产品的监管，质量监督部门保留食品相关产品的监管职能，出入境检验检疫部门负责对进出口食品安全实施监管。

而工商行政管理部门则完全退出对食品生产经营活动的专业监管领域，仅保留相应食品广告活动的监管职能。以上海市为例，根据《上海市人民政府办公厅关于印发上海市食品药品监督管理局主要职责内设机构和人员编制规定的通知》（沪府办发〔2013〕75号）规定，上海市工商行政管理局负责保健食品广告活动的监督检查，上海市食品药品监督管理局负责保健食品广告的内容审查；对于违法广告，上海市食品药品监督管理局应当及时向上海市工商行政管理局通报并提出处理建议，上海市工商行政管理局应当依法作出处理。

但是，在食品监管链条实现职能合并的基础上，部分省市仍在推进合并质量监督、工商行政管理和食品药品监管等部门从而组建市场秩序监督管理部门的大部制改革。部分地方还探索了包含物价局在内的“四合一”改革试验。以上海市为例，2014年7月初，在浦东新区试点市场局模式之后，上海市政府决定在8个中心城区推广浦东经验，推行工商、质监、食药和物价检查“三加一”的市场局模式。

此外，就食用农产品而言，新《食品安全法》将食用农产品的市场销售即流通环节纳入其调整范围，而食用农产品的种植和养殖仍由农业行政部门监管；在立法上，也分别适用《农产品质量安全法》和《食品安全法》两部独立的法律。对此，有意见认为应当将食用农产品的源头管理也一并纳入到大食品管理的框架中。再者，食品药品监管部门与卫生行政部门目前是两个独立的部门，但实际上两者之间特别是在食品安全的风险监测、风险评估等环节多有关联，如何厘清这两者之间的关系也是问题。因此，食品监管的行政改革进程似乎并未因新《食品安全法》的出台而告一段落。